запустить можно и от имени пользователя, залогинившегося в gui,
например на удаленную машину закидывается пакетник, использующий runas для текущего пользователя,
все, что тебе нужно пишется в виде bat-ника, сценария JScript, VBScript, powershell и т.д. на выбор, а вот кликающий/автоматизирующий действия пользователя инструмент уже по ситуации выбирай. Может для твоей задачи Clickermann-а слишком много и лучше выбрать более простое решение