Нафига ж ты goto(begin) в цикл вставил? Мало того что выпрыгивать из цикла не рекомендуется, так этот прыжок не имеет смысла потому что выполнение и так туда пойдет! $check = 1 переменная изменилась, выполнение дойдет до конца цикла , начнет его за ново, условие не верно, цикл пропускается, выполнение идет после цикла. Вот так это работает.
$check = 0
WHILE($check = 0)
   GETSCREEN
   IF_PICTURE_IN (0,0, $_xmax,$_ymax, "novoe.bmp", -1, 100)
      $check = 1
      LCLICK($_return1, $_return2)
      WAITMS(100)
   ELSE
      WAITMS(50)
   END_IF
END_CYC
wait(1)
LCLICK(802,385)  // otvetit
wait(1)
LCLICK(579,609)  // okno vvoda
wait(1)
TOCLIP(RND(1,TFCOUNT("otvet.txt"))) // читаем рандомную строку из файла в буфер
WAITMS(50)
KEYDOWN (#CTRL) // вставляем
WAITMS (50)
KEYPRESS(#V)
KEYUP (#CTRL)
wait(1)