Вы не правильно понимаете принцип работы потоков. Вот цитата из справки:
"Поток представляет собой независимую цепочку действий, выполняющихся одновременно с основным сценарием и другими потоками."
Попробуйте так:GETSCREEN(756,374,756,374)
IF(PXL(756,374)=56485)
SETTHREAD (t2, 2) // 0 - Пауза, 1 - Старт, 2 - Стоп
LCLICK(589,41)
WAITMS(500)
SETTHREAD (t2, 1) // 0 - Пауза, 1 - Старт, 2 - Стоп
ELSE
WAITMS(250)
END_IF
thread(t2)
LOGWRITE ("Label")
WAIT(2)
LOGWRITE ("перемещение курсора 595,452")
MOVE(351,258)//перемещает курсор мыши
WAIT(2)
LOGWRITE ("клик 351,258")
LCLICK(351,258)//клик
WAITMS(550)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 595,452")
$time=$_time_t+10
GETSCREEN
WHILE(PXL(595,452)!1563049)
IF($time<$_time_t)
LOGWRITE ("клик 351,258")
LCLICK(351,258)//клик
WAITMS(550)
$time=$_time_t+10
END_IF
WAITMS(550)
GETSCREEN
END_CYC
WAITMS(550)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 488,69,533,97")
$check = 0
WHILE($check = 0)
GETSCREEN
IF_PIXEL_IN (488,69, 533,97, 263515, 2237002)
$check = 1
LOGWRITE ("клик 307,86")
LCLICK(307,86)//клик
WAIT(6)
ELSE
WAIT(5)
END_IF
END_CYC
WAIT(3)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 779,86")
$check = 0
WHILE($check = 0)
GETSCREEN
IF(PXL(779,86)=131586)
$check = 1
LOGWRITE ("клик 719,501")
LCLICK(719,501)//клик
WAITMS(800)
ELSE
WAITMS(800)
END_IF
END_CYC
WAIT(1)
LOGWRITE ("клик 1091,533")
LCLICK(1091,533)
WAIT(17)
LOGWRITE ("клик 1132,179")
LCLICK(1132,179)
WAIT(3)
LOGWRITE ("клик 1091,535")
LCLICK(1091,535)
WAITMS(900)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 321,151")
$check = 0
WHILE($check = 0)
GETSCREEN
IF(PXL(321,151)=1821599)
$check = 1
LOGWRITE ("клик 491,145")
LCLICK(491,145)//клик
WAIT(2)
ELSE
WAIT(2)
END_IF
END_CYC
WAIT(3)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 691,66")
$check = 0
WHILE($check = 0)
GETSCREEN
IF(PXL(691,66)=1563049)
$check = 1
LOGWRITE ("клик 596,263")
LCLICK(596,263)//клик
WAIT(2)
ELSE
WAIT(2)
END_IF
END_CYC
WAIT(3)
LOGWRITE ("клик 805,289")
LCLICK(805,289)
WAIT(3)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 686,335")
$time=$_time_t+10
GETSCREEN
WHILE(PXL(686,335)!819302)
IF($time<$_time_t)
LOGWRITE ("клик 803,316")
LCLICK(803,316)//клик
WAITMS(550)
$time=$_time_t+10
END_IF
WAITMS(550)
GETSCREEN
END_CYC
WAIT(1)
LOGWRITE ("клик 697,391")
LCLICK(697,391)
WAITMS(50)
GETSCREEN
LOGWRITE ("Цвет 692,67 = ", PXL(692,67))
GETSCREEN
WHILE(PXL(692,67)=1563049) // ожидает Если в координате 692,67 цвет 1563049
WAITMS (50)
GETSCREEN
END_CYC
WAITMS(150)
LOGWRITE ("клик 591,44")
LCLICK(591,44) // кликаем если цвет 1563049 пропал
WAITMS(250)
LOGWRITE ("Ожидание цвета 307,304")
$time=$_time_t+10
GETSCREEN
WHILE(PXL(307,304)!1836252)
IF($time<$_time_t)
LOGWRITE ("клик 591,44")
LCLICK(591,44)//клик
WAITMS(250)
$time=$_time_t+10
END_IF
WAITMS(250)
GETSCREEN
END_CYC
WAIT(5)
end_thread