Кто ж его знает что ты там делаешь неправильно, может запускаешь две копии кликера из одной папки с одними и теме же настройками, горячие клавиши при этом работают только для первой копии.
Вот таким скриптом ты можешь привязывать кликер к окну просто наведя курсор на окно.
Отключение всех кликеров производится на кнопку Esc.
WAIT(2) // две секунды на то чтобы после запуска успеть навести курсор на окно блюстака.
HSET(HGET($_xmouse,$_ymouse),1) // привязывемся к окну
START:
// тут твой скрипт
GOTO(START)
THREAD(exit,1) // поток отключения скрипта при удержании ESC более секунды
IF(ISKEYDOWN(#ESC)=1)
$time_exit = $_ms+1000
WHILE((ISKEYDOWN(#ESC)=1)&($time_exit > $_ms))
WAITMS(50)
END_CYC
IF($time_exit < $_ms)
HSET(0,0) // отключаем оконный режим
BEEP(2000,200) // сигнал завершения
HALT
END_IF
ELSE
WAITMS(50)
END_IF
END_THREAD