Тоже задавался вопросом как посылать команды в неактивные окна игры. Если применительно к современной Lineage 2, с современной защитой, то насколько я знаю - никак.
Раньше, когда не блочились нажатия клавиш через WinApi, можно было использовать AutoHotKey. Там можно посылать команды сразу очень многим окнам, но сейчас почти ни на одном сервере это не работает. А с режимом ps/2 я не нашел ни одного способа передавать клики в неактивное окно. И как уверяют гуру - это невозможно.
Насчет переключения окон - тоже использовал этот метод, и у меня лагов не было за 8+ часов работы кликера, в том числе на старом ноутбуке. Может быть у тебя и вправду ресурсов не хватает, попробуй промониторить загрузка после часа работы кликера с переключением окон.
Если все-таки фризит не весь комп, а конкретно клиенты линейки, то есть патч на постоянно активные окна. У меня были проблемы с переключением окон без этого патча, через какое-то время переключение окон занимало все больше и больше времени. Но если фризит весь комп, то этот патч сделает только хуже, т.к. каждое окно будет жрать больше ресурсов.