Зачем вообще нумеровать переменные если порядок не важен? Почему не загнать их в один массив и после доставать какие нужно перед самой обработкой?
Нужно правильно планировать решение задачи.
ARRPUSH($arr, (TFRead("number.txt", 45)))
ARRPUSH($arr, (TFRead("number.txt", 46)))
...
Надеюсь $x2, $y2 не читались со строк 47,48. Если шли подряд зачем прописывать номера руками, читать нужно в цикле.
И вот в итоге у тебя массив $arr = [325, 125, 244, 103, ... , 437, 132]
Берёшь любую пару и обрабытываешь:
$index = RND(0,12-1)*2
$x = [$index]
$y = [$index+1]
или если не знаешь длину массива (сколько пар у тебя)
$index = RND(0, (ARRSIZE($arr)-2)/2)*2
$x = [$index]
$y = [$index+1]
Можно , конечно, замутить и перемешивание, как ты хочешь. Но это не есть гуд.