Использовать оконный режим.
Более сложный, использовать виртуальную машину.
В принцепи можно написать возврат курсора после клика. Но все равно это будет мешать при активном использовании мыши.
SUB(L_Klick, $x,$y) // подпрограмма с параметрами в начале скрипта
$sx = $_xmouse
$sy = $_ymouse
LCLICK($x,$y)
MOVE($sx,$sy)
END_SUB
// клик с возвратом курсора на исходное место
L_Klick(100,200) // вызов подпрограммы
WAITMS(50)
L_Klick(500,200)
WAITMS(50)