чтобы не менять уже существующий код, можно просто добавить условие внутрь цикла, где проверяется кратность $a любому числу.
FOR($a=1,$a<1001)
   
   EXECUTE (STRCONCAT("C:\Users\Desktop\papka\",$a,"\proga.exe"))
   wait(5)
   LCLICK(55,33)
   wait(1)
   KEYPRESS(#ENTER)
   wait(2)
   
   
   IF($a/3 = int($a/3))  //тройку можно сменить на другое число
      print("доп. действие")
      //тут действия, которые будут выполняться каждый третий проход цикла
      
   END_IF
   
   
end_cyc
halt