чтобы не менять уже существующий код, можно просто добавить условие внутрь цикла, где проверяется кратность $a любому числу.
FOR($a=1,$a<1001)
EXECUTE (STRCONCAT("C:\Users\Desktop\papka\",$a,"\proga.exe"))
wait(5)
LCLICK(55,33)
wait(1)
KEYPRESS(#ENTER)
wait(2)
IF($a/3 = int($a/3)) //тройку можно сменить на другое число
print("доп. действие")
//тут действия, которые будут выполняться каждый третий проход цикла
END_IF
end_cyc
halt