Вот решение. Фильтрация буфера и проверка на ссылки, если в буфере их нет то стоп. Также сделал запись резервной копии.
Фильтр удаляет пробелы и знак # в строке буфера. Оказалось что решетка записывается в файл но при последующем чтении строка обрезается на этом символе.
Есть идея преобразовать все ссылки в MD5 хеш тогда сравнение будет точным.
WAIT(1)
LCLICK(1184,64)  // клик по адресной строке для выделения
WAITMS(100)
KEYDOWN (#CTRL) // Ctrl+C
WAITMS (50)
KEYDOWN (#C)
WAITMS (50)
KEYUP (#C)
KEYUP (#CTRL)
WAITMS (50)
$strclip = STRFILTER(FROMCLIP(), " #", 0) // фильтр буфера
WAITMS(50)
IF((STRPOS($strclip,"http:") > 0) | (STRPOS($strclip,"https:") > 0)) // проверка на ссылки
ELSE
   LOGWRITE ("Ошибка: строка из буфера не содержит ссылки.")
   HALT
END_IF
IF(TFCOUNT ("input.txt") > 0)
   $comp = TFREAD("input.txt", 1)
   WAITMS(50)
   $action = STRPOS($comp, $strclip)
   IF($action > 0)
      LOGWRITE ("Совпадение")
      // сдесь действие если строка совпала
   ELSE
      TFWRITE("input_bak.txt", $comp) // запись резервной копии
      TFWRITE("input_bak.txt", " ")
      TFDELETE ("input.txt", 1)
      WAITMS(50)
      TFWRITE("input.txt", STRCONCAT($comp,$strclip," "))
      WAITMS (50)
   END_IF
ELSE
   TFWRITE("input.txt", STRCONCAT($strclip," "))
   WAITMS (50)
END_IF