Дело может быть в том, что клавиши Ctrl , Alt , Shift и клавиша Windows, это клавиши-модификаторы. И активное окно приложения, в котором запускается скрипт, принимает нажатие этих клавиш как определенную команду.
Простой пример: запустите обычный виндовский Блокнот и нажмите клавишу Alt, при этом выделится меню "Файл", т.е. Блокнот уже ожидает от пользователя какого то действия. Отменить это ожидание можно повторным нажатием клавиши Alt. В отличие от Блокнота, другие программы могут реагировать на такие клавиши по другому, по своему.
Так для запуска и остановки скрипта сочетанием клавиш, как раз используется клавиша-модификатор. И неизвестно как воспримет нажатие этой клавиши активное окно очередного приложения. А скрипт при этом все равно запустится, но может как бы проигнорировать первые строки скрипта.
Попробуйте запускать скрипт комбинацией Ctrl + A (включается в настройках кликера). Иногда может помочь задержка при запуске скрипта, чтобы успеть убрать руки от клавиатуры и не удерживать клавишу-модификатор.
P.S. Кстати, если в окне редактора Clickermann'а нажать клавишу Alt, то курсор выделения текста меняется на стрелку, и первое нажатие например какой нибудь буквы, саму букву не вводит, а только подготавливает редактор к вводу текста. Такие вот они коварные эти клавиши-модификаторы.
Windows 7 SP1 32bit
Clickermann v4.10 (build 003)
