Используй потоки, один поток выполняет твой скрипт а другой параллельно следит за окнами.
Если второй поток найдет окно то нужно поставить на паузу первый поток вот такой командой
SETTHREAD (main, 0)
убрать окно и продолжить выполнение первого потока командой
SETTHREAD (main, 1)
THREAD(main, 1) // главный скрипт
GETSCREEN
WHILE(PXL (1529,425) ! 7381699)
WAITMS (1000)
GETSCREEN
END_CYC
LCLICK(1524,428)
GETSCREEN
WHILE(PXL (1487,756) ! 10982251)
WAITMS (100)
GETSCREEN
END_CYC
LCLICK(1487,756)
GETSCREEN
WHILE(PXL (1165,184) ! 12636637)
WAITMS (100)
GETSCREEN
END_CYC
LCLICK(1165,184)
WAIT(1)
LCLICK(1504,758)
GETSCREEN
WHILE(PXL (1504,749) ! 10455909)
WAITMS (100)
GETSCREEN
END_CYC
WAIT(1)
LCLICK(1533,749)
WAIT(1)
LCLICK(1533,749)
$time = $_time_t + 2
GETSCREEN
WHILE((PXL (1394,557) ! 8612425) & ($time > $_time_t))
WAITMS (100)
GETSCREEN
END_CYC
LCLICK(1394,557)
WAITMS(2000)
LCLICK (1411,749)
GETSCREEN
WHILE(PXL (1323,592) ! 13095135)
WAITMS (1200)
GETSCREEN
END_CYC
DBLCLICK(1372,681)
END_THREAD
THREAD(pomexi, 1) // проверка на всплывающие окна
// здесь использовать функции поиска картинок или пикселов или другие, чтобы определить выскочившее окно и убрать его
END_THREAD
WAIT(1)