Используй потоки, один поток выполняет твой скрипт а другой параллельно следит за окнами.
Если второй поток найдет окно то нужно поставить на паузу первый поток вот такой командой
SETTHREAD (main, 0)убрать окно и продолжить выполнение первого потока командой
SETTHREAD (main, 1)
THREAD(main, 1) // главный скрипт
   GETSCREEN
   WHILE(PXL (1529,425) ! 7381699)
      WAITMS (1000)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   LCLICK(1524,428)
   
   GETSCREEN
   WHILE(PXL (1487,756) ! 10982251)
      WAITMS (100)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   LCLICK(1487,756)
   
   GETSCREEN
   WHILE(PXL (1165,184) ! 12636637)
      WAITMS (100)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   LCLICK(1165,184)
   WAIT(1)
   LCLICK(1504,758)
   
   GETSCREEN
   WHILE(PXL (1504,749) ! 10455909)
      WAITMS (100)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   WAIT(1)
   LCLICK(1533,749)
   WAIT(1)
   LCLICK(1533,749)
   
   $time = $_time_t + 2
   GETSCREEN
   WHILE((PXL (1394,557) ! 8612425) & ($time > $_time_t))
      WAITMS (100)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   LCLICK(1394,557)
   WAITMS(2000)
   LCLICK (1411,749)
   
   GETSCREEN
   WHILE(PXL (1323,592) ! 13095135)
      WAITMS (1200)
      GETSCREEN
   END_CYC
   
   DBLCLICK(1372,681)
END_THREAD
THREAD(pomexi, 1) // проверка на всплывающие окна
// здесь использовать функции поиска картинок или пикселов или другие, чтобы определить выскочившее окно и убрать его
END_THREAD
WAIT(1)