Причем тут оконный режим, и задержки между строк в секундах?
Да, в настройках кликера есть такой параметр
Файл config.ini
; Дополнительная задержка (в милисекундах) после выполнения команды (0 - без задержки)
; (Позволяет разгрузить процессор в случае, когда сценарий не использует WAIT)
delay_between_lines = 1
Но по моему это вообще никогда не работало так как написано. Если выставить 0 то кликер будет грузить процессор даже при задержках. А значения от 1 и выше добавляют задержку только к WAIT и WAITMS.
# wait ($sec)
где $sec количество секунд
Откуда решетка? В кликере нет какого синтаксиса.