В общем помучившись с кодировками вернулся на 4.13, поскольку выгрызть "" не получилось, воспользовался советом Oraven и дописал код, но тут ждала засада, 4.13 воспринимает "" пустой строки как 2 символа, пришлось пожертвовать строками с 2 и менее символами, благо таких почти нет.
FOR($a=1,$a<TFCOUNT("input.txt")+1)
$str = TFREAD ("input.txt", $a)
IF(STRLEN($str) > 2)
TOCLIP($str)
ELSE
STRWRITELN ("output.txt", " ")
END_IF
END_CYC