Гляжу delay_between_lines починили.
И вот результат
$ms = $_ms
FOR($a=0,$a<1000)
ARRPUSH($arr, $a)
END_CYC
LOGWRITE ($_ms-$ms)
HALT
4.11
14:19:17 595
14:19:21 626
14:19:22 589
14:19:24 582
14:19:25 582
14:19:26 587
14:19:28 585
14:19:29 585
4.12.001
14:20:01 9828
14:20:14 9832
14:20:25 9832
14:20:35 9821
14:20:45 9871
В место полсекунды почти 9

Кликер превратился в слоупока...
Если выставить delay_between_lines = 0 конечно все нормально будет.
А нужны ли эти задержки вообще? Почему бы не вывести в настройки thread_priority у кого там кликер сильно напрягает можно снизить приоритет. Да и вообще не удобно все это править через файл а потом еще и народу объяснять где там что можно настроить.