Зачем усложнять или разделять логику работы этой функии?
Если пользователь ее включил, то в подавляющем большинстве случаев он хочет чтобы все окна этой программы были поверх окон других программ.
Я конечно уверен, что найдется пара человек которым понадобятся более тонкие настройки, но это скорее исключение, чем массовая необходимость.