Да тут все проще, переписатьб весь скрипт с учетом нужных и не нужных в нужные и ненужные моменты переменные и массивы - написал какойто цикл или подпрорамму, просмотрел все переменные, и решил, какие тебе понадобятся в будущем, а какие нет, и лишние поудалял.
Но если уже никак без задуманнорго ранее, то можно обойтись и тем что предложил Космич, только батник это лишнее.
Пример:
#autorun
LOGSHOW (1)
wait(1)
$a = 1
print("работает скрипт, ".$a )
wait(1)
$b = 2
print("работает скрипт, ".$b )
wait(1)
$c = 3
print("работает скрипт, ".$c )
wait(1)
$d = 4
print("работает скрипт, ".$d )
wait(1)
$e = 5
print("работает скрипт, ".$e )
wait(1)
$f = 6
print("работает скрипт, ".$f )
wait(1)
$g = 7
print("работает скрипт, ".$g )
wait(1)
$h = 8
print("работает скрипт, ". $h)
wait(1)
print("закончили работу, начинаем заново")
execute("test.cms") //начинаем заново
wait(1)
halt(1) //ваключаем старое