Зачем запускать другой скрипт, если всё можно сделать в пределах одного. Это не обязательно один файл, файлов может быть несколько. Это самый нормальный способ.
Подключать код из другого файла можно командой #include
#include
Вставляет в это место содержимое текстового файла из папки проекта.
Это позволяет "прятать" объемный код, повышая читаемость скрипта.
Синтаксис
#include "ИмяСкрипта"
Пример
#include "mylib.cms"
с версии Clickermann 4.6.000
А так, конечно, можно сделать что хочешь. Запустить новый скрипт в другом экземпляре программы через EXECUTE() а этот завершить и закрыть через HALT(1)