можно ли узнать на каком окне фокус в терминале не анализом цвета.
Кликером нельзя. По крайней мере не напрямую, возможно можно через сторонние программы.
можно ли кликать не двигая мышь.
Отправлять POSTMESSAGE окну с определённым номером, если это настоящее окно в понятиях Windows. Если это просто нарисованное нечто, похожее на окно, то нельзя. Если это не окно, а элемент окна (Control) - можно другими прогами.
POSTMESSAGE не везде сработает, зависит от "Есть прога".