В общем причин может быть много... Во первых с режимами PS-2 - я вообще с ними долго мучился даже после того, как купил мышь и клавиатуру PS-2. Оказывается, после того, как я их подключил к компу, в BIOS-е еще нужно было включить этот режим PS-2, а иначе у меня тоже все висло, как у вас ))
Причина - 2... В привязке к окну и в отвязанном состоянии координаты разные. То есть... В отвязанном состоянии вы нашли какой-то пиксель и запрограммировали клик по нему в координатах (ХХХ, YYY). Если вы после этого привяжете кликер к окну, то место нахождение координат (ХХХ, YYY) уже изменится.
Еще вопрос... У вас 32-битная система, или 64?
P.S. - По вашим "симптомам" больше похоже на то, что у вас в BIOS-е не активирован PS-2 режим... Прям, как у меня было. У меня тоже клава висла и систему приходилось перезагружать.
Я понимаю, что у всез разный BIOS, но у меня это выглядит примерно так...