Отвяжите окно редактора от главного окна, как было раньше, раз уж нельзя сохранять в ini координаты и размеры окна, то верните как было. Часто надо главное окно держать вверху экрана, но при этом нельзя вызвать редактор, он вылезает тогда за пределы экрана.
А может имеет уже смысл вообще отказаться от основного окна, тем более от него кроме небольшого размера практической пользы и нет. Вместо этого редактор сделать основным и прикрутить кнопку, чтоб сворачивала его в мини-панель, состоящее из кнопок старт/пауза, стоп, поверх всех окон, и развернуть в редактор, для удобства работы.