а окна по одинаковым координатам размещены?, или ты привязкой пользуешься?, если привязкой, то смотри какой кликер куда привязан, когда запущено 2 окна быстрые клавиши работают только с одним из них, и неважно какой из них активен. Один можно привязать быстрой клавишей а другой придется вручную через менеджер окон или внутри скрипта HSET(ххххх,1)