Когда знакомишься с новой программой прежде всего стоит зайти в настройки, там ты сможешь найти кнопку ассоциировать скрипты .cms c кликером. И после этого двойной клик по файлу будет запускать кликер с загруженным скриптом.
Только учти что могут быть запущены несколько копий кликера и горячие клавиши управления при этом будут действовать только на первый запущенный кликер!