Для того, чтобы кликерман не мешал пользоваться мышью/клавиатурой, или программа, с которой он работает, не загораживала экран - существует привязка Кликермана к окну.
Постарайтесь учесть сразу, что если важны координаты кликов, при привязке они изменятся (т.к. отчет будет идти не от начала экрана, а от левой верхней точки окна).
Быстрее всего привязывать через Alt+W, но для начала все же лучше ознакомиться с особенностями привязки в справке или в статьях на форуме.