Все зависит от скрипта. Можно использовать DIALOGBOX но если есть потоки то все их это не затормозит.
Простой вариант. Выполнение продолжится только после нажатия ОК
$dialog = DIALOGBOX("Пауза", 0, 4)
Можно использовать условие. При выборе варианта "Нет" выполнение останавливается.
$dialog = DIALOGBOX("Продолжить действие?", 4, 2)
IF($dialog = 7)
HALT
END_IF