Вы не правильно понимаете принцип работы потоков. Вот цитата из справки: 
"Поток представляет собой независимую цепочку действий, выполняющихся одновременно с основным сценарием и другими потоками."
Попробуйте так:GETSCREEN(756,374,756,374)
IF(PXL(756,374)=56485)
   SETTHREAD (t2, 2) // 0 - Пауза, 1 - Старт, 2 - Стоп
   LCLICK(589,41)
   WAITMS(500)
   SETTHREAD (t2, 1) // 0 - Пауза, 1 - Старт, 2 - Стоп
ELSE
   WAITMS(250)
END_IF
thread(t2)
   LOGWRITE ("Label")
   WAIT(2)
   LOGWRITE ("перемещение курсора 595,452")
   MOVE(351,258)//перемещает курсор мыши
   WAIT(2)
   LOGWRITE ("клик 351,258")
   LCLICK(351,258)//клик
   WAITMS(550)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 595,452")
   $time=$_time_t+10
   GETSCREEN
   WHILE(PXL(595,452)!1563049)
      IF($time<$_time_t)
         LOGWRITE ("клик 351,258")
         LCLICK(351,258)//клик
         WAITMS(550)
         $time=$_time_t+10
      END_IF
      WAITMS(550)
      GETSCREEN
   END_CYC
   WAITMS(550)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 488,69,533,97")
   $check = 0
   WHILE($check = 0)
      GETSCREEN
      IF_PIXEL_IN (488,69, 533,97, 263515, 2237002)
         $check = 1
         LOGWRITE ("клик 307,86")
         LCLICK(307,86)//клик
         WAIT(6)
      ELSE
         WAIT(5)
      END_IF
   END_CYC
   WAIT(3)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 779,86")
   $check = 0
   WHILE($check = 0)
      GETSCREEN
      IF(PXL(779,86)=131586)
         $check = 1
         LOGWRITE ("клик 719,501")
         LCLICK(719,501)//клик
         WAITMS(800)
      ELSE
         WAITMS(800)
      END_IF
   END_CYC
   WAIT(1)
   LOGWRITE ("клик 1091,533")
   LCLICK(1091,533)
   WAIT(17)
   LOGWRITE ("клик 1132,179")
   LCLICK(1132,179)
   WAIT(3)
   LOGWRITE ("клик 1091,535")
   LCLICK(1091,535)
   WAITMS(900)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 321,151")
   $check = 0
   WHILE($check = 0)
      GETSCREEN
      IF(PXL(321,151)=1821599)
         $check = 1
         LOGWRITE ("клик 491,145")
         LCLICK(491,145)//клик
         WAIT(2)
      ELSE
         WAIT(2)
      END_IF
   END_CYC
   WAIT(3)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 691,66")
   $check = 0
   WHILE($check = 0)
      GETSCREEN
      IF(PXL(691,66)=1563049)
         $check = 1
         LOGWRITE ("клик 596,263")
         LCLICK(596,263)//клик
         WAIT(2)
      ELSE
         WAIT(2)
      END_IF
   END_CYC
   WAIT(3)
   LOGWRITE ("клик 805,289")
   LCLICK(805,289)
   WAIT(3)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 686,335")
   $time=$_time_t+10
   GETSCREEN
   WHILE(PXL(686,335)!819302)
      IF($time<$_time_t)
         LOGWRITE ("клик 803,316")
         LCLICK(803,316)//клик
         WAITMS(550)
         $time=$_time_t+10
      END_IF
      WAITMS(550)
      GETSCREEN
   END_CYC
   WAIT(1)
   LOGWRITE ("клик 697,391")
   LCLICK(697,391)
   WAITMS(50)
   GETSCREEN
   LOGWRITE ("Цвет 692,67 = ", PXL(692,67))
   GETSCREEN
   WHILE(PXL(692,67)=1563049) // ожидает Если в координате 692,67 цвет 1563049
      WAITMS (50)
      GETSCREEN
   END_CYC
   WAITMS(150)
   LOGWRITE ("клик 591,44")
   LCLICK(591,44) // кликаем если цвет 1563049 пропал
   WAITMS(250)
   LOGWRITE ("Ожидание цвета 307,304")
   $time=$_time_t+10
   GETSCREEN
   WHILE(PXL(307,304)!1836252)
      IF($time<$_time_t)
         LOGWRITE ("клик 591,44")
         LCLICK(591,44)//клик
         WAITMS(250)
         $time=$_time_t+10
      END_IF
      WAITMS(250)
      GETSCREEN
   END_CYC
   WAIT(5)
end_thread