А в какой версии было такое предупреждение? Проблема актуальная для новичков не привыкших каждое действие с окном редактора "Clickermann" сопровождать нажатием кнопок" применить\ сохранить".
Какой я новичок ? 
Это  даже не проблема. Это просто ужас. Ну не может никакой редактор , без ведома пользователя, обнулять то, что напечатано  руками. 
Почему в последних версиях  кликермана эта странная  вещь реализована ?
Я не понимаю, что мешает сделать всплывающую  табличку , которая перед автоматическим удалением все-таки   будет спрашивать,  обнулять ли  сделанное  ,  или сберечь пользователю час-два работы?
Например , вчера вечером  я два часа убил таким непринужденным  образом. 
И до этого  вагон времени и  нервов  было загублено .
п.с.
 Работаю сейчас в 12 версии.  Всплывающей таблички-предупреждения не было ни  в одной версии,  но до v.10-11  проблем с потерей  работы  по скрипту ( типа чисто на секунду заглянуть во внешний блокнот за переменной   и вернуться )  я не припомню.
ппс
Надеюсь все понимают , что  ни сам кликерман , ни окно его редактора при  этом  не  закрывается.  
Всё активно и всё открыто , но  новые  действия , по коррекции скрипта , самопроизвольно  оттуда исчезают. 
Это примерно, как если бы вы писали текст в блокноте , вдруг вам в браузер пришло письмо. Вы его прочитали ,  вернулись в блокнот... а там ничего нет. Нормально?
пппс.
Вероятно такое новшество связано с быстродействием , расходом памяти , или стабильностью  при основной  работе скрипта.
Но в таком случае вероятно есть смысл  седлать отдельную   опцию "редактирование"  \"создание" , при которой   все будет не так оптимально  , но  зато вернётся  гарантия сохранения скрипта ,   а  за одно  и возможность его  проверки   "на лету" ( напомню , что  эта удобная вещь  была реализована  в ранних версиях , часто ею пользовался при отладке ) .
После отладки кликер можно вернуть в рабочий режим.